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谷本の備忘録・雑記帳・work

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カテゴリー: tips information and links

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私が集めた新型コロナ情報のメモ

ここはどんなページか

判断するためのデータ・情報を掲載しているWebページで個人的には信頼できそうと考えたものを備忘録としてまとめたもの

※数値データは、変異株の種類と比率・ワクチン接種状況が変化している事には留意が必要

感染に関する情報

発症4日前から感染させうる・発熱しないこともあり
https://www.pref.wakayama.lg.jp/chiji/message/20210625.html

発症日前後4日前3日2日1日当日1日2日3日4日後
人数828416471231176

発症前の人から44%感染していた
https://www.nature.com/articles/s41591-020-0869-5

発症前及び無症状者から56%感染している
https://science.sciencemag.org/content/368/6491/eabb6936

感染元発症前発症後無発症者環境・コンタミ
感染率46%38%6%10%
注意：過去のデータから

年代別死亡率・重症者比率

種別10代20代30代40代50代60代70代
肺炎発症率8.6%24%39%50%58%64%68%
要酸素患者率-0.6%4.3%8.2%13%19%42%
致死率-0.0040.0220.0920.29%1.4%5.1%

死亡率は厚生省サイトから
https://www.mhlw.go.jp/content/10906000/000649533.pdf

重症者（酸素投入、肺炎）の比率は和歌山県のサイトから
https://www.pref.wakayama.lg.jp/prefg/041200/d00203179_d/fil/kouhyou13.pdf

新型コロナウイルスとワクチンの情報

新型コロナウイルスの特徴とmRNAワクチン（入院患者の19%に肺線維症のデータも）
http://water-solutions.jp/sars-cov2_mrna-vaccine/
https://www.chem-station.com/chemglossary/biochem/2021/01/mrnavaccine.html

ワクチンの種類と開発状況
https://www.mhlw.go.jp/stf/seisakunitsuite/bunya/0000121431_00223.html
https://www.covid19-yamanaka.com/cont5/38.html

ワクチンの効果　　(90%～95%)
https://www.pref.wakayama.lg.jp/chiji/message/20210817_d/fil/20210812press_r.pdf

まだ重症化に有効（60歳代で89%）
https://www.covid-datascience.com/post/israeli-data-how-can-efficacy-vs-severe-disease-be-strong-when-60-of-hospitalized-are-vaccinated

新型コロナとアビガン（アビガン開発者による説明）

　https://www.jmedj.co.jp/journal/paper/detail.php?id=14278
https://www.jmedj.co.jp/journal/paper/detail.php?id=14305
https://www.jmedj.co.jp/journal/paper/detail.php?id=14354
https://www.jmedj.co.jp/journal/paper/detail.php?id=15763

感染状況

都道府県別感染状況（10万人当たり）
https://covid.gutas.net/?c=2

世界の状況(worldmeters)
https://worldmeters.info/coronavirus

新型コロナウイルスと関係する病気

新型コロナと間質性肺炎
https://www.jmedj.co.jp/journal/paper/detail.php?id=16903

新型コロナ後遺症とEBウイルス
https://dime.jp/genre/1180373/

後遺症関連

ブレインフォグの原因候補（鼻粘膜経由のアストロサイト感染、血流悪化、自己免疫反応）
https://www.natureasia.com/ja-jp/ndigest/v18/n9/COVID%E3%81%8C%E8%84%B3%E3%81%AB%E3%83%80%E3%83%A1%E3%83%BC%E3%82%B8%E3%82%92%E4%B8%8E%E3%81%88%E3%82%8B%E4%BB%95%E7%B5%84%E3%81%BF/108931

WordPressでmathjaxを使い数式を表示

WordPress上で数式をきれいに表示するためにmathjax-latexプラグインを導入したので備忘録として残す。なお、cdnを使わない方法を採用した。

node.jsとnpmをインストール

mathjaxをnpmを使ってインストールする方法の場合に必要。

sudo apt update
sudo apt upgrade
sudo apt install nodejs npm
node -v
npm -v
sudo npm install -g n
sudo n stable
sudo apt purge nodejs npm
exec $SHELL -l
node -v
npm -v

この手順は、「nodejs、npm の最新版をインストールする（Ubuntu）」を使わせていただいた。

mathjaxのインストール

npm install mathjax@3
sudo mv node_modules/mathjax/es5 /var/www/html/mathjax

これは、[ Hosting Your Own Copy of MathJax ] によるもの

プラグインの導入

mathjax-latex　プラグインをインストールし有効化する。

設定においては、以下の様に設定した。

Use MathJax CDN Service ?           チェックを外した
Custom MathJax location?            https://mydomain/mathjax/tex-chtml.js

Save changes をクリックする。　　
理由不明だが、外したチェックが復活してしまう。　なんどかやっていたり、動くか試しているうちにどのときか不明だが成功した。

試してみる

例えば、

\(y=f(x)\)

と、入力すると、下記の様に数式が表示された。　一応成功とする。


\(y=f(x)\)

ubuntuでpoweroff前にメール送出

以前、起動直後にメール送出の設定を行ったが、今回はpoweroff前に自動で行う設定である。

/etc/systemd/system配下にmyshel.service（名前は例）を配置する。　myshel.serviceの中身は例えばこの様なものである。

[Unit]
Description=temparature and so on email report
Before=poweroff.target
DefaultDependencies=no
ConditionFileIsExecutable=/home/xxx/myscript.sh

[Service]
Type=oneshot
ExecStart=/bin/bash /home/xxx/myscript.sh
User=root

[Install]
WantedBy=poweroff.target

User=rootはもしかしたら不要かも知れない。 xxx/myscript.shは適宜変える。

参考としたサイト

'https://kernhack.hatenablog.com/entry/2014/12/08/000708

自分用簡易コマンド作成

状態やコマンド、ログを調べるのにコマンドを使うが、しばらく使っていないとすぐに細かなところをわすれてしまう。　そこで、bashのfunction機能を使って自分用のコマンドを用意した。

用意したコマンド

  • status xxx
    xxxに関する状態等を表示　　例: status cpu
  • conf xxx
    xxxのためのconfファイルの一覧を表示する
  • url xxx
    xxxを説明しているwebページのurlを表示
  • log xxx
    xxxに関するlog内容（のtail部分）を表示
  • manual xxx
    xxxコマンドに関する自作の簡易マニュアルを表示
  • mycommand
    この内容相当を表示

簡易コマンド定義

.bashrcに下記内容を追記する

alias mycommand='cat ~/mycmd/command'
function status() {  bash ~/mycmd/mystatus/$1　}
function conf() {  cat ~/mycmd/myconf/$1　}
function url() {  cat ~/mycmd/myurl/$1  }
function log() {  bash ~/mycmd/mylog/$1　}
function manual() {  cat ~/mycmd/mymanual/$1　}

directory作成

mkdir -p mycmd/mystatus
mkdir mycmd/myconf
mkdir mycmd/myurl
mkdir mycmd/mylog
mkdir mycmd/mymanual

各コマンド実行用ファイル作成例

mycmd/mystatus/cpu

vcgencmd measure_temp

mycmd/mymanual/systemctl
 
失敗したサービス表示   systemctl --failed
サービスの状態表示     systemctl status xxxx.service
全てのサービス状態     systemctl status
サービス実行           sudo systemctl start xxx.service
サービス再実行         sudo systemctl restart xxx.service
サービス停止           sudo systemctl stop  xxx.service
起動時自動有効化       sudo systemctl enable xxx.service
自動起動無効化         sudo systemctl disable xxx.service
設定再読み込み         sudo systemctl daemon-reload xxx.service

apacheログ削減とアクセスtop10送信

WordPressを運用しているとどこにアクセスが多いか気になる。一方、スパムが多い。　それで、アクセスログ解析を行いたいが、関係ないアクセスログも多い。　そこで、アクセスログの削減を行うとともに、アクセスのトップ10をメール通知する様にした。

前提条件

  • apacheをweb serverとして使っている
  • lan内メールサーバーが構築済み
  • （raspberry pi OS : ubuntuやdebianでも同じと思う）

ログ削減

lan内からのアクセスやcssファイル等の読み込みはログに残さないようにする。

/etc/apache2/sites-enabled/000-default.conf　及び　/etc/apache2/sites-enabled/default-ssl.conf　のCustomlog 部分を以下の様に編集する。

#       CustomLog ${APACHE_LOG_DIR}/access.log combined
        SetEnvIf Remote_Addr 127.0.0.1 nolog
        SetEnvIf Remote_Addr 192.168.0. nolog
        SetEnvIf Remote_Addr 192.168.2. nolog
        SetEnvIf Request_URI "\.(gif|jpg|png|css|js|ico)$" nolog

        CustomLog ${APACHE_LOG_DIR}/access.log combined env=!nolog

もし、JPG等大文字のものがログに現れた場合は、SetEnvIF部分をSetEnvIfNoCaseに換える。

注：スペルミスがありましたので修正しました(no_log => nolog) 2021/03/20

再起動　
sudo systemctl restart apache2

top10作成及びメール文作成用のシェルの準備

以下のシェルスクリプト(mytools/webtop10.sh)を作成

#!/bin/bash

echo from: wp_server@ktanimoto.net
echo to: wp_server@ktanimoto.net
echo subject: raspi web server accecc top10
echo Content-Type: text/plain;charset="UTF-8"
echo
echo ------  access IP top 10 ----------
cat /var/log/apache2/access.log |cut -f 1 -d ' ' | sort |uniq -c|sort -nr|head -10
echo

echo ----- access page top10  -----------
cat /var/log/apache2/access.log |cut -f 7 -d ' ' | sort |uniq -c|sort -nr|head -10
echo

echo  ------- actual access top 10 -----------
cat /var/log/apache2/access.log |grep 200 |cut -f 7 -d ' ' | sort |uniq -c|sort -nr|head -10

echo

cronの設定

rootが所有者になる様にしてcron設定ファイルを作成する(webtop10とここではする）

SHELL=/bin/bash
PATH=/sbin:/bin:/usr/sbin:/usr/bin
MAILTO=""
HOME=/home/pi

# Example of job definition:
# .---------------- minute (0 - 59)
# |  .------------- hour (0 - 23)
# |  |  .---------- day of month (1 - 31)
# |  |  |  .------- month (1 - 12) OR jan,feb,mar,apr ...
# |  |  |  |  .---- day of week (0 - 6) (Sunday=0 or 7) OR sun,mon,tue,wed,thu,$
# |  |  |  |  |
# *  *  *  *  * user-name command to be executed

 50 7 * * * pi /home/pi/mytools/webtop10.sh | sendmail -i -t
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